Los expertos buscan el apoyo de la informática para procesar la gran cantidad de datos de la proteómica
JPA/DICYT El avance de la tecnología ha generado una gran cantidad de datos en el campo de la proteómica, la ciencia que estudia y trata de caracterizar las proteínas que se expresan en un genoma. Para analizar el conjunto de esas proteínas, llamado proteoma, se hace necesario el apoyo de la bioinformática, la única manera de poder procesar el volumen de información que proporcionan los laboratorios. Por eso, expertos nacionales e internacionales se han reunido hoy en el Centro de Investigación del Cáncer de Salamanca para abordar esta cuestión, clave para el avance de la Biomedicina desde un punto de vista multidisciplinar. Se trata de la última reunión de la primera fase del Instituto Nacional de Proteómica (Proteored), que iniciará una nueva etapa con distinta financiación a partir de este año.
Hasta hace pocos años, a la hora de realizar estudios proteómicos exitía un "impedimento técnico" que ha sido superado en la última década con un "desarrollo espectacular" de la tecnología que ha permitido caracterizar las proteínas en diferentes contextos. Sin embargo, queda una asignatura pendiente, "digerir toda esa información", asegura Xosé Bustelo, investigador del Centro del Cáncer, en declaraciones recogidas por DiCYT.
El objetivo es extraer datos que permitan agrupar las proteínas o conocer sus funciones. En este contexto, el encuentro que se celebra en el Centro del Cáncer trata de abordar qué nuevas herramientas están a disposición de los científicos para comprender los cambios proteómicos, de manera que "esta información sea útil a toda la comunidad científica". El propósito de los expertos es estandarizar los protocolos, de manera que los investigadores dispongan al menos de una información mínima para interpretar los bancos de datos en los que se almacena toda la producción científica relacionada con la proteómica. Así, se avanzará en un "conocimiento mejor de nuestras células y en cómo se modifican en condiciones patológicas", indica Bustelo.
Para todo ello, ProteoRed ofrece un servicio para los investigadores a la vez que contribuye a resolver estos problemas bioinformáticos. Se trata de una "iniciativa ejemplar en Europa", asegura Bustelo, ya que pone a disposición de la comunidad científica técnicas difíciles y de difícil acceso.
Producción masiva de datos
Juan Pablo Albar, coordinador de ProteoRed, ha asegurado que en este ámbito el problema es la producción masiva de datos. "La información es compleja y tenemos que evitar que se propague lo que llamamos basura informacional, de manera que los datos sean lo más depurados posible", indica. En este sentido, la gran capacidad para transmitir datos que posibilitan las nuevas tecnologías hace especialmente grave que se pueda publicar un dato erróneo acerca de las funciones de ciertas proteínas, según ha explicado. Así, la información repercute en la calidad de las investigaciones de manera que con los datos que proporciona la bioinformática "podemos focalizar las dianas a las que dirigir nuestros esfuerzos", es decir, que los científicos pueden conocer, por ejemplo, qué moléculas son las más importantes en una determinada patología para centrar en ellas la investigación sobre posibles tratamientos.
En definitiva, la asociación entre la Informática y la proteómica trata de "extraer la información útil que produzca cada laboratorio" de manera que llegue a toda la comunidad científica. Para ello, todos los datos deben ser de calidad, estandarizados e interpretables. En algunos casos, los investigadores ni siquiera tendrán que hacer nuevos experimentos sino "bajarse la información útil y usarla".
Conseguir este objetivo pasa por la unión de la proteómica y la informática, de manera que son necesarios tanto expertos en proteómica que se formen en Informática como informáticos que se formen en proteómica, aseguran. En este sentido, es necesario contar con "profesionales nuevos que no existen", afirman, de manera que convendría contar con nuevos máster dirigidos a este ámbito.
Futura financiación de ProteoRed
En este sentido, el papel de ProteoRed ha sido clave para el desarrollo de la proteómica española, aseguran los expertos. Hace una década, los únicos servicios que daban los laboratorios españoles era la identificación de proteínas, mientras que ahora los que están integrados en ProteoRed pueden comparar proteomas y han estado a lo largo de los últimos años "cerca de la frontera del conocimiento", además de que han ido incorporando las más modernas tecnologías para ofrecérselas a la comunidad científica.
En cualquier caso, ProteoRed ha tenido que superar un importante problema de financiación, ya que este año finaliza la primera fase del proyecto, que ha sido costeada por la Fundación Genoma España. A partir de ahora, será el Instituto de Salud Carlos III el que se haga cargo de la financiación, al igual que ocurre con otros proyectos que dependían de la Fundación Genoma España, como es el caso del Banco Nacional de ADN, cuya sede está en el Centro de Investigación del Cáncer de Salamanca.
La aportación de Salamanca
ProteoRed está organizada en seis nodos que se dirigen desde Madrid, Bilbao, Barcelona, Salamanca, Valencia y Córdoba. En el caso de Salamanca, el responsable del proyecto es Xosé Bustelo, científico del Centro de Investigación del Cáncer (CIC). Desde este centro se cubre la demanda de parte de Castilla y León y de Galicia, que tiene su propia sede asociada a Salamanca.