Un proyecto europeo de secuenciación genética busca avances contra la leucemia
José Pichel Andrés/DICYT La Comisión Europea ha puesto en marcha un proyecto dentro del 7º Programa Marco en el que una decena de socios entre universidades y empresas unen sus esfuerzos para secuenciar el genoma de los pacientes de leucemia con el objetivo de desarrollar terapias personalizadas y más efectivas. La investigación se llevará a cabo entre 2013 y 2015 y cuenta con la participación de España a través de un equipo de investigación de Salamanca.
El proyecto Next Generation Sequencing for Targeted Personalized Therapy of Leukemia se basa en “utilizar las nuevas técnicas de secuenciación masiva” para determinar las alteraciones genéticas propias de la enfermedad y con el objetivo final de desarrollar terapias contra la leucemia, explica a DiCYT Jesús María Hernández, científico del Servicio de Hematología del Hospital Universitario de Salamanca y del Centro de Investigación del Cáncer.
El consorcio, que dispone casi de seis millones de euros para sacar adelante el proyecto en los próximos tres años, está liderado por la Universidad de Bolonia (Italia), que se acompaña de las universidades de Turín (Italia), Ulm (Alemania), Masarykova (República Checa), Leuven (Bélgica) y Salamanca, además de empresas de Italia, Suiza y Alemania. El papel de los científicos de Salamanca será seleccionar a enfermos adecuados para que participen en los estudios.
El único grupo español de este proyecto participa gracias a su amplia experiencia en esta línea de investigación, ya que pertenece a la Red Europea de Leucemia, que agrupa a un millar de investigadores. Así, Jesús María Hernández Rivas y su equipo ya formaron parte del Proyecto MILE: ‘Microarray innovations in Leukemia’, en el que se propuso una mejora en el diagnóstico de las leucemias basándose en datos de microarrays o chips de ARN (ácido ribonucleico). Por el contrario, el proyecto actual se basa tanto en la secuenciación del ADN como del ARN de los enfermos con leucemia.
El grupo salmantino también ha coliderado el proyecto EuGESMA (European Genomics and Epigenomics Study on MDS and AML), que ha desarrollado nuevas metodologías de investigación genética y epigenética aplicadas al estudio de las leucemias mieloides.
Colaboración internacional
A través de estos y otros proyectos, “compartimos tecnología y resultados y hemos tenido la posibilidad de afianzar muchos vínculos con investigadores de otros países”, señala el experto. Todos han ido en la misma línea: “mejorar el diagnóstico y el tratamiento de los pacientes con leucemia”.
Lo que ha ido cambiando ha sido la metodología. La secuenciación del genoma humano ha dado lugar a nuevas posibilidades de investigación que se han plasmado, por ejemplo, en el consorcio internacional creado para el estudio del genoma del cáncer (International Cancer Genome Consortium, ICGC), un proyecto mundial que consiste en secuenciar el genoma completo de 500 pacientes de cada uno de los 50 tumores más frecuentes y en el que a España le ha correspondido la leucemia linfática crónica, la más frecuente, con la participación de Salamanca.
El reto ahora es llevar los resultados a la práctica y “definir qué tipos de mutaciones presentan estas enfermedades y que deben ser tratadas de la misma forma”. Para ello hay que echar mano de la Bioinformática e interpretar la gran cantidad de información que proporcionan las nuevas técnicas de secuenciación masiva. Los científicos se han centrado hasta ahora en estudiar el exoma, es decir, la parte de los genes que da lugar a proteínas, pero saben que el resto del genoma, también es muy importante, sobre todo tras los resultados del proyecto ENCODE. “Posiblemente, lo que tengamos que hacer es centrarnos en el exoma porque el resto nos desborda”, admite Hernández Rivas, “pero el siguiente paso será analizar todo el genoma y el transcriptoma de los tumores”.
Características de la enfermedad
Al analizar en paralelo una muestra del ADN normal de una persona y una muestra de leucemia, “lo que encontremos en la segunda que no esté en la primera será lo característico de la enfermedad”, apunta el especialista. De esta forma se va sabiendo cuántas mutaciones tienen las leucemias, un número bastante elevado en cada enfermo, pero muy inferior al que presentan los tumores más frecuentes como el de pulmón o el de mama.
En este proceso es clave conocer si las mutaciones están claramente relacionadas con la aparición de la enfermedad o si son “simples acompañantes” de las importantes, algo difícil de establecer porque las células tumorales tienen una gran inestabilidad genética por definición. “Sus mecanismos de reparación están dañados y por eso la aparición de mutaciones es más fácil que en cualquier otro tipo de célula”, indica.
Aunque ningún tumor tiene una sola mutación que lo explique, en el caso de la leucemia linfática crónica “el gen que aparece mutado con mayor frecuencia sólo lo está en el 12% de los enfermos”, lo cual quiere decir que “probablemente lo que estamos llamando con un determinado nombre responde a muchas enfermedades que se manifiestan de forma similar”.
Por eso, la secuenciación masiva permitirá también pasar de un diagnóstico fenotípico a un diagnóstico molecular de las enfermedades y permitirá enfocar los tratamientos hacia los trastornos genéticos con una mejora considerable en su eficacia.